懷恩堂的歷史要追溯到國民政府遷臺之初。民國41年10月，原本在上海宣教的美國宣教士高樂民（Inabelle Coleman），因中共佔據大陸，輾轉來到臺灣。當時，她原本希望加入浸信會廈門街教會服事，但因為那裡已有足夠的宣教士，斟酌之餘，上帝就帶領她在和平東路二段52巷15號自己與廈門街浸信會的李夏蘭(Ola Lee) 、吳友芬(Josephine Ward) 兩位宣教士的住處，開始了週日早晨的英語查經班。